Film ini merupakan lanjutan dari NATIONAL TREASURE, yang menceritakan petualangan seorang sejarawan Benjamin Franklin Gates (Nicolas Cage).
Ketika Ben sedang presentasi informasi baru mengenai John Wilkes Booth dan 18 halaman yang hilang dari diarinya, tiba-tiba Mitch Wilkinson (Ed Harris) berdiri dan memberikan halaman yang hilang dari diari John Wilkes Booth. Komentar Mitch Wilkinson (Ed Harris) tentang Thomas Gates, ayah dari kakek Ben, yang disebut di halaman tersebut menunjukkan bahwa Thomas Gate kemungkinan adalah orang yang terlibat dalam pembunuhan Abraham Lincoln. Ben tidak dapat membela diri, karena Mitch membawa bukti otentik dari sebuah sobekan buku yang jadi objek penelitian Ben, tentang peta harta karun bangsa kuno Amerika.
Ben bersama kekasihnya Abigail (Diane Kruger), dan sahabatnya, Riley (Justin Bartha), serta orang tuanya bertekad untuk membuktikan bahwa kakek buyutnya tidak bersalah. Mereka akhirnya harus mendatangi Patung Liberty, Menara Eifel dan Mount Rushmore. Ketiga tempat ini memiliki rahasia, dan saling berkaitan. Dari tiga petunjuk sebelumnya, membuat mereka harus mendatangi Buckingham Palace, untuk mencari petunjuk selanjutnya. Mereka akhirnya menemukan sebuah buku di White House dan mencuri salah satu halaman dari buku tersebut. Kemudian mereka mencocokkan hasil sobekan yang dimiliki Mitch, dengan buku asli yang memang ada sobekan pada satu halamannya. Dengan bantuan alat canggih, Ben dan dua rekannya akhirnya berhasil mengungkap tulisan rahasia yang ada di balik sobekan kertas. Ternyata dalam sobekan buku tersebut, tersimpan rahasia pembunuhan Presiden Amerika Abraham Lincoln, dalam satu acara teater.
Bagaimana kelanjutannya, dapatkah Ben membersihkan nama baik keluarganya?
